Imagej细胞计数(荧光显微镜)

在之前的文章中，锐缘君为大家分享了ImageJ软件，有需要的小伙伴可以戳研究人员必备的图像处理软件——ImageJ软件分享查看详情。在此，剑君为大家带来第一期ImageJ使用教程。在进行细胞实验时，人工计数细胞是一项极其枯燥和耗费精力的工作。下面我们来看看如何使用ImageJ实现细胞自动计数，解放双手。

自动细胞计数

-一…

导入图像

打开您想要处理的图像。这里，我们以DAPI免疫荧光染色照片为例来说明。如下图。

单击“文件”>“打开”>,打开准备好的图像，或者将图像直接拖到菜单栏中打开它。如下图。

-二-

将图像转换为8位

首先要把图片变成黑白的灰度图像，方便后续识别细胞。

点击图像>文字> 8位，图像就会变色。

-三…

调整阈值，去除背景，选择细胞。

①点击图像>调整>阈值调整阈值，主要是选择单元格区域；

②因为剑君在这里选择了B&W(黑白)，所以图像中的黑色区域就是被选择的区域，可以在这里更改。如果变为红色，红色区域为选中区域；

③另外，我们发现阈值窗口中有两个调整框，我们可以通过左右拖动调整框中的滑块来调整选中的区域。原理是在去除背景杂质的同时，尽可能包含所有细胞。

④拖动后点击应用，阈值设置完成。

四个

填充核的空间隙

在调整阈值以减少背景的同时，细胞的一些不均匀部分也可能被削弱。这时候就需要填补空缺口，让细胞变成实心球，让自动细胞计数的结果更可靠。

单击处理>二进制>填充孔洞。如果没有空的单元间隙，这一步就没必要了。

-吴-

打破细胞核的重叠部分。

当细胞密度相对较高时，通常会有细胞重叠或非常接近。这将导致软件识别两个细胞粘在一起作为一个。这时候就需要用分水岭来自动识别重叠部分，然后把两个细胞分开。

单击处理>二元>分水岭。这时，你可以看到粘附的细胞已经分离。

-卢-

颗粒的自动分析和计数

单击“分析”>“分析粒子”打开“分析粒子”界面，根据不同的处理图像设置不同的参数。

尺寸:Size:0.05-Infinity——指分析粒径大于0.05(请注意这里的单位是英寸)的颗粒，最大为Infinity。(根据单元格大小变化，结果有好有坏。)一般来说，您可以通过选择框工具来选择最小的单元，然后单击分析>测量来查看其大小。如果我们在这里显示面积是104，我们可以将大小设置为90-无穷大。

圆度:0.00-1.00-指的是圆度，可以根据细胞形状进行调整。1.00是标准的圆，通常只根据大小来限定。

show:overlay-指原始图片中分析结果将显示在其上的外框。

排除在边上-不计算边上的粒子。

设置完成后，点击确定，会出现以下结果。结果窗口显示细胞的计数和每个细胞的面积，总共有162个细胞。

此外，我们可以检查原始图像中是否有遗漏或多选的单元格。如果有，我们可以返回到大小设置页面重新设置阈值，再次进行统计。

以上就是利剑君给大家带来的用ImageJ软件自动计数细胞的方法，需要注意的是，自动计数的结果并不是绝对准确的。您应该根据自己的经验优化参数设置，使结果更加可靠。