信号通路(看懂复杂的信号通路)
信号路径(了解复杂信号路径)
很多医生一听说基础研究就开始头疼。现在,如果他们想发表文章,他们必须研究分子机制,克服信号通路障碍。他们不禁感叹,“难道要我像冯唐一样放弃这个职业?没有人同情我。我忙着门诊呢。怎么才能在最短的时间内上手?”
据说是大师兄教我的信号通道超实用入门秘诀,绝对属于秒杀所有科研屌丝和部分学霸的技能。我今天会给你。第一次调研的时候,我去老板办公室确定课题。他说我要研究肝癌X信号通路的发病机制,先看文献,下次小组会随便说说。这个“无论如何”吓得我当场晕倒,老板直接把我扔出了办公室。撞到地砖清醒过来后,我立刻去抱我的化验员学长大腿:
糟糕的信号路径
虽然当时是研究生,但是听了几次小组会。在我眼里,学姐告诉我的信号渠道完全不可追踪,全部都很复杂。同一个频道里既有好鸟也有坏人,而且还那么冷漠。我们来谈谈这个P53信号通路。它只在细胞周期的过程中起作用,与细胞凋亡、自噬、细胞代谢、DNA修复等过程密切相关。我们来谈谈一条通路上下游的这么多因素。不知道是谁有问题(当时不知道是要测序还是要做预实验),所以我大脑里的信号通路完全是这样的:
信道强制的三个秘密
好在师兄是个经验丰富的司机。在我答应承包他接下来一个月所有的细胞更换和通道工作(还好我只能信任你把这部分交给我)后,我露出了一个诡异的笑容:我们都记得每次小组会上ppt上放的接入图,其实只是作秀!其实是这样的:
但老板还是要“应付”。他可以在小组会议上随便问你一个问题来陷害你。举个例子,如果你的实验进展顺利,下游会测试哪种标记?你如何设计上游实验?或者让你直接介绍一下这个通路在肝癌中的研究背景。边肖,不要害怕任何事情。只要记住下面的提示,我就给你解答(薛)(惠)如(胡)流(你)!
技巧1:记住老板的几个尺寸
谁是大老板?是不是总听到一些牛逼的分子,比如p53,mTOR,Hippo…大老板都在信号的中心,所以信号通路往往以他们命名。一些大Boss会联手形成一个信号通路的核心,比如TGF-β/Smad、Jak/Stat、PI3K/Akt、MAPK/ERK等。
有些小Boss也要记住,因为其他人同样厉害,以他们为主角的相关文献堆积成山,都是传说中的明星分子,比如:BCL-2、BAX、PTEN、CDK4、caspase系列、KRAS、FOXO1等。(不胜枚举)。剩下的wannabe(大Boss的远亲上下游蛋白),如果不是你的研究对象或者研究对象是直接上下游,不用太在意。除了蛇精症没人会让你背!
提示2:延伸到大小凸台的上下游
所谓入门级的研究机制,无非是A-B-C (A调控B,C是B的底物)三个分子之间的关系。例如,A在X细胞中的作用依赖于B和C,敲除A后BC的表达发生变化,使用BC抑制剂或激活剂可以改变敲除A的效果等。正如小白一样,边肖建议你应该首先选择你研究的某个老板或想成为老板的人,然后聚焦他们,向上游和下游“开火”。
比如老板让你研究a,这里以抑癌基因FOXO1在肝癌细胞凋亡过程中的作用机制为例。要知道FOXO1正好处于PI3K/Akt和MAPK/ERK信号转导通路的交汇点:
这时候关键是确定B和c,做了相关芯片的人就能发现差异表达的基因是否在这两条通路上,而可怜的X的实验室可能要大量人工进行qRT-PCR。
技巧三:实力装逼
所谓装逼,装的好就是学着欺负,装的不好就是让人笑。别怕,边肖会给你福利辅助你力量:图文并茂的医学信号通路,通过一张精美的通路机制图,可以让我们直观的了解复杂的通路机制网络图。本书通过解读一张图,对通路机制所涉及的相关知识点进行了扩展和总结,直观而深刻地向大家传达了通路机制的研究和应用进展。帮助大家简单高效的了解各种访问机制。
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