蛋白组学分析（蛋白质组学研究，这篇够经典！）
蛋白组学分析（蛋白质组学研究，这篇够经典！）
作者：盛师傅
今天教大家用蛋白质组学文章，从技术上轻松灌水博士毕业神刊oncotarget(发文章除了自身水平外，也看很多其他的的方面，懂的都懂)。
在正文开始之前，推荐蛋白质组学的一本书和一篇综述，书是冷泉港蛋白质组学实验手册，适合完全不懂零基础的开始学，综述是chemical review（影响因子有40多，化学类第一高）上的Protein Analysis by Shotgun/Bottom-up Proteomics，适合有一定基础的看。
好了，现在开始正题，什么是蛋白质组学，Proteomics includes not only the identification and quantification of proteins, but also the determination of their localization, modifications, interactions, activities, and, ultima网tely, their function。
我们主要讲的就是identification and quantification of proteins，这就引出了两类文章，第一种是尽可能多的鉴定细胞或组织中一切蛋白质，这一部分跟分析化学有关就不多讲，第二种是差异蛋白质组学，通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异，以解释细胞生理和病理机制。
从医学角度来看，蛋白质组学整个实验流程简单易懂。第一步，不同组织或细胞样品间的蛋白质的分离，第二步蛋白质鉴定、定量，找出有显著表达差异的蛋白。第三步，在此基础上选定蛋白进行验证，最后生信分析（如下图）。
其中分离有两套不同的流程，第一个是top-down(直接分离蛋白质），主要技术是二维电泳（不推荐，很麻烦）。第二个是buttom-up（网分离蛋白质酶解后得到的多肽）,主要技术是LC。
今天要讲的是top-down，文章发在oncotarget上，题目如下
Identification of protein clusters predictive of tumor response in rectal cancer patients receiving neoadjuvant chemo-radiotherapy
背景什么的就不说了，速读摘要看具体怎么做的。
1. 通过比较差异蛋白表达找出一个生物标志物来预测疗效好坏。
2. 根据疗效来设置3个组比较差异表达蛋白，用双向荧光差异凝胶电泳(2D-DIGE)来进行分离定量。
3. 通过2D胶图象分析软件找出30个显著差异表达的蛋白质点，其中16个点的表达在TRG1-2 vs TRG3有显著差异，14个点的表达在TRG1-2 vs TRG4有显著差异。作者用这里的30个点作为参数降维进行主成分分析，发现不管是TRG3还是TRG4与TRG1-2都可以很好的分开。
另外还分析了30个点在正常与癌症组织中的表达情况。
对比发现377、471、683和684四个蛋白质点的表达在TRG3 和TRG4 vs TRG1-2均有显著差异。471、683和684三个点在正常与癌症组织中表达有显著差异。
4.将蛋白质点酶切成多肽，用nano-lc分离后用生物质谱鉴定蛋白质。
5.将鉴定出的候选蛋白质用另一批病人来验证，最后用STRING进行了蛋白相互作用分析。
该网文思路简单，分离-鉴定-验证分析，是一篇经典的应用二维电泳来进行差异蛋白质组学分析的文献，值得参考。
